现代化的有机肥生产通常采用好氧式发酵方式，与厌氧式发酵相比，最大的优势在于：腐熟相对彻底，且高温时间长而持久，无害化程度高，中间产物相对少。
具体方法如下：
1.发酵
发酵主要分为条垛式发酵和槽式发酵。
前者适用于气候干燥，场地广，环保不严格的地方进行，但是优点在于相对投入较低。
后者需要在发酵池中进行，即将鸡粪堆积在发本酵中，同时添加适量的发酵菌种，然后利用槽式翻堆机增加通气量。通常发酵的时间为10-20天。中间适当翻堆一两次，等粪堆表面出现白色菌丝并有酒曲香味，即发酵成功。这其中要注意控制水分和温度；水分：发酵物料的水分应控制在60～65%。水分判断：手抓一把物料，见水不滴水，落地即散为宜。水少发酵慢，水多通气差，还会导致“腐败菌”工作而产生臭味；温度：启动温度应在15℃以上较好，发酵升温控制在70℃以下为宜，温度太高对养分有影响；
经过深度发酵后的鸡粪，进行烘干，粉碎。粉碎后的鸡粪即可直接施用，但还只是称之传统的农家肥，尚不能称之为商品有机肥料。
有机肥料，还需要经过消毒和配方搅拌，消毒就是通过高温及厌氧处理，以及生物消毒的办法，即利用益生菌落消毒，需要达到的标准为五项重金属的含量不能超标，蛔虫卵死亡率和大肠杆菌值等都需要符合标准。配方搅拌需执行执行NY525-2002标准。按照这个标准，NPK的总含量必须大于或等于4%，有机质必须大于等于30%，水份小于等于20%，PH值在5.5-8.0。
只有符合上述要求，都是合格的有机肥料。从外观上来说，商品有机肥料分为粉状和颗粒的两种。如果要生产成颗粒的商品有机肥料，还需要进行造粒。
粉剂有机肥生产线通常需要的设备有：翻堆机（条垛式发酵）/翻抛机（槽式发酵）、料仓、皮带机、粉碎机、筛分机、包装机
颗粒有机肥生产线通常需要的设备有：翻堆机（条垛式发酵）/翻抛机（槽式发酵）、料仓、皮带机、粉碎机、筛分机、造粒机、烘干机、冷却机、包装机.
